Viivakaavassa esitetään vedyt heteroatomien (esim. happi, O tai typpi, N) yhteydessä. Ohjelmaa osa määritellä tarvittavien vetyatomien määrän. Viivakaavoihin voi näin lisätä automaattisesti hydroksyyliryhmän -OH ja erilaiset aminoryhmät -NH₂. Tässä näyttöasetuksiin (View | Implicit Hydrogens | On Hetero) liittyvät valinnat: