Vuonna 1560 kuoli Kustaa Vaasa ja hänen vanhimmasta pojastaan Eerikistä oli määrä tulla seuraava kuningas, mutta se ei sopinut veljeksille. Kustaa Vaasa ajatteli, että perintökuninkuus rauhoittaisi vallantaistelun, mutta se vain lisäsi sitä. Juhana ja Kaarle halusivat kuninkaiksi kummatkin. Alkoi kammpailu ja Eerik riitautui veljistään. Juhanasta kuitenkin tuli kuningas, kun hän syrjäytti veljensä.

Juhanan pojasta Sigismundista tuli uusi kuningas, Juhanan kuoltua. Kaarle ei pitäny siitä ja alkoi tavoitella valtaa itselleen. Heistä tuli vielä pahemmat viholliset toisillen, kun Juhanan johdosta nimitettiin Suomen käskynhaltijaksi Kaarlen pahan vihollisen Klaus Flemingin.

Miten nuijasota alkoi
Talonpojat eivät pitäneet siitä, että sotilaat määrättiin heidän elätettävikseen nyt kokoajaksi, eikä vain sotien ajaksi. Kaarle suostutteli talonpoikia kapinoimaan vastaan ja niin alkoi nuijasota, jossa talonpoikia johti Jaakko Ilkka. Tämä tapahtui vuonna 1596. Aseina oli kuokkia, nujia ja muita esineitä, joita oli löydetty. Alussa talonpojilla meni hyvin, kun ei kuninkaan sotilaat eli huovit olleet valmiina. Kuitenkin koulutettuja houveja tuli sotimaan 3000 ja he veivät voiton. Klaus Fleming lupasi päästää antautuneet vapaaksi, mutta ei pitänyt lpaustaan. 3000 talonpoikaa kuoli taistelussa. Huovit saivat viedä mitä halusivat kylistä palkkioksi.