Lukiokoulutus alkoi Lappajärvellä syksyllä 1962, kun Lappajärven keskikoulu muuttui kahdeksanluokkaiseksi yliopistoon johtavaksi oppikouluksi. Ensimmäiset ylioppilaat lakitettiin kolme vuotta myöhemmin 1965.

Lappajärven yhteiskoulu toimi ensimmäiset vuodet yksityisenä oppikouluna, mutta siirtyi kunnan omistukseen 1969. Kunnan siirtyessä peruskoulujärjestelmään syyslukukauden 1974 alussa koulun nimi muuttui Lappajärven lukioksi, josta hallinnollisesti tuli osa kunnallista koululaitosta.

Vuonna 1974 keskikoulun koko toiminta siirtyi entiseen kansalaiskoulun rakennukseen, ja lukio jatkoi entisissä keskikoulun tiloissa yhdessä ala-asteen luokkien 4 %u2013 5 kanssa. Yhdeksänkymmentäluvulle tultaessa voitiin todeta, että lukion tilat olivat käyneet auttamatta vanhanaikaisiksi, ja uuden lukion rakennushanke lähti käyntiin. Kesti kuitenkin yli kymmenen vuotta ennen kuin hanke päätyi toteuttamisen asteelle syksyllä 2003. Rakennus valmistui syksyllä 2004, ja uuden koulukeskuksen vihkiäisjuhlaa vietettiin 26.11. 2004. Rakentamisen aikana vanhat keskikoulun tilat samalla peruskorjattiin. Saneerauksen tuloksena koululla on käytössään uudenaikaiset erikoisluokat nykyaikaisine opetusvälineineen sekä upea 199-paikkainen auditorio.

Lukion ensimmäisenä rehtorina toimi Viljo Ahvenniemi (1962–1966). Hänen jälkeensä ovat rehtoreina toimineet Erkki Koskimäki (1966–1969), Irma Linden (1969–1973), Risto Anttila(1973–2002), Hannu Aro (2002–2007) ja Tarja Puro (2007–).

Lappajärven lukiosta on sen historian aikana valmistunut toistatuhatta ylioppilasta, joiden on ollut hyvä ponnistaa jatko-opintoihin tai työelämään. Koulun oppimistulokset ovat useissa mittauksissa olleet alueen huippua ja valtakunnallisestikin ottaen korkeaa luokkaa. Koulun ylläpitäjän tuki, vanhempien koulumyönteisyys ja koulun hyvä yhteishenki ovat kannustaneet opettajia ja oppilaita heidän jokapäiväisessä työssään.