Lappajärven geolukion luonnontieteellinen linja on luonnontieteisiin painottuva opintolinja. Linjalla painotetaan luonnontieteitä eli biologiaa, maantiedettä, fysiikkaa ja kemiaa, joista opiskellaan oman valinnan mukaan lukion valtakunnallisia valinnaisia kursseja sekä lukion omia paikallisia valinnaisia kursseja. Linjalle on lisäksi erikseen suunniteltu kuusi luonnontieteellistä osaamista syventävää kurssia, jotka koostuvat eri näkökulmista luonnontieteisiin.

Luonnontieteellisellä linjalla opiskelijan on mahdollista tutustua luonnontieteisiin sekä selkeyttää tulevaisuuden suunnitelmiaan. Linjalla opiskelija voi kehittää luonnontieteellistä ajatteluaan oman opiskelunsa tueksi sekä tutustua ajankohtaisiin ilmiöihin. Luonnontieteellinen linja antaa opiskelijalle valmiuksia pyrkiä opiskelemaan esimerkiksi lääketieteellisiä aloja, farmasiaa, biologiaa, maantiedettä, geologiaa, fysikaalisia tieteitä, kemiaa tai matemaattisia tieteitä. Kurssit tukevat luonnontieteellisten ja matemaattisten aineiden ylioppilaskirjoitusten suorittamista. Valintakoeuudistuksen myötä luonnontieteellisten oppiaineiden opiskelu tulee korostumaan ja niiden kirjoittaminen vaikuttaa enenevissä määrin jatko-opintoihin pääsyyn. Kokonaisuudesta saa erillisen todistuksen ja merkinnän päättötodistukseen.

Lappajärvi ympäristöineen muodostaa mielenkiintoisen ympäristön tutkia ja havainnoida luonnontieteellisiä ilmiöitä erityisesti erilaisten geologisten muodostumien kautta. Alueen kallio- ja maaperä antavat poikkileikkauksen 1900 miljoonaa vuotta sitten tapahtuneista geologisista prosesseista (esim. tulivuoritoiminta) harvinaiseen 78 miljoonaa vuotta sitten tapahtuneeseen meteoriitin törmäykseen ja sen aiheuttamaan kraatterimuodostumaan. Lisäksi useat jääkaudet ovat muokanneet kallioperää sekä maaperää ja muodostaneet siihen näkyviä merkkejä. Näin ollen luonnontieteellinen linja tarjoaa hyvät mahdollisuudet tutustua luonnontieteellisiin ilmiöihin ja prosesseihin käytännön tutkimusten, näytteiden oton ja analysoinnin kautta Lappajärven alueella.

Luonnontieteellisen linjan opiskelijat suorittavat vähintään 24 opintopisteen verran luonnontieteiden opintoja. Kaikille kuuluu pakollisina vähintään neljä linjan erikoiskurssia (LT1-LT6), jotka ovat laajudeltaan kaksi opintopistettä/opintojakso. Lisäksi opiskelija valitsee lukion luonnontiedeaineiden (biologia, maantiede, fysiikka ja kemia) valtakunnallisista valinnaisista kukrsseista sekä paikallisista valinnaisista kursseista vähintään 12 opintopisteen verran opintoja.