Snellmanin koulussa toimii kolme erityisopetuksen pienluokkaa. Luokkien oppilailla on erityisen tuen päätös ja he tarvitsevat lisätukea ja harjoitusta keskittymisessä, käyttäytymisessä sekä oman toiminnan ohjauksessa ja tunne-elämän säätelyssä. Luokan oppilailla on hoitosuhde joko Alavan sairaalaan tai Kuopion kaupungin lasten ja nuorten yksikköön.

Yhteistyö luokan oppilaiden vanhempien ja koulun välillä koetaan ensisijaisen tärkeänä oppilaan kokonaisvaltaista kuntoutumista ajatellen. Oppilaita integroidaan yhdessä tai useammassa oppiaineessa isoon luokkaan heti kun se katsotaan mahdolliseksi. Pienluokilla maksimi oppilasmäärä on 8 oppilasta luokalla 1.-2. ja 10 oppilasta luokilla 3.-4 ja 5.-6.