Useimmat ominaisuudet periytyvät autosomaalisesti eli muissa kromosomeissa kuin sukupuolikromosomeissa. Tällaiset ominaisuudet periytyvät pääsääntöisesti Mendelin lakien mukaan. Jotkin geenit sijaitsevat kuitenkin sukupuolikromosomeissa. Koska eri sukupuolilla on erilainen määrä X- ja Y-sukupuolikromosomeja, sukupuoli vaikuttaa sukupuolikromosomissa periytyvän geenin ilmentymiseen.

X-kromosomissa on tuhansia geenejä, ja monet niistä ovat tärkeitä myös yksilön toiminnan kannalta. Y-kromosomissa on vain muutamia kymmeniä geenejä, kuten SRY-geeni, joka saa aikaan sukupuolen määräytymisen mieheksi. Y-kromosomissa ei ole yksilön elintoimintojen kannalta välttämättömiä geenejä.

Sairautta aiheuttava geeni voi sijaita myös X-kromosomissa. Esimerkiksi silmän tappisolujen valoa aistivaa proteiinia koodataan X-kromosomissa sijaitsevassa geenissä. Tämän geenin resessiivinen alleeli saa aikaan punavihervärisokeuden. Lisäksi muun muassa verenvuototauti ja Duchennen lihasdystrofia periytyvät X-kromosomin välityksellä.

Miehillä on vain yksi kappale X-kromosomeja, jonka he ovat perineet äidiltään. Koska miehillä on X-kromosomeissa sijaitsevissa geeneissä vain yksi alleeli, kutsutaan heitä tämän geenin suhteen hemitsygoottisiksi. Tämän vuoksi miehillä esiintyy X-kromosomiin kytkeytyneitä resessiivisiä sairauksia enemmän kuin naisilla. Miehen täytyy periä ainoastaan äidiltään resessiivinen alleeli sairastuakseen. Sen sijaan naisen täytyy periä resessiivinen alleeli molemmilta vanhemmiltaan sairastuakseen. Esimerkiksi punavihervärisokeutta esiintyy 8 prosentilla miehistä, mutta vain 0,4 prosentilla naisista.

Sen sijaan dominantisti X-kromosomissa periytyvät sairaudet ovat naisilla yleisimpiä kuin miehillä, koska naisilla on kaksi X-kromosomia. Tällaiset sairaudet ovat tosin harvinaisempia kuin resessiivisesti periytyvät.