Uusi aika
Uskonpuhdistus ja vastauskonpuhdistus
Uskonpuhdistus oli käytännöllisesti katsottuna vallankumous. Se jakoi Saksan protestantteihin ja katolisiin ja muutti pysyvästi saksalaisten ruhtinaiden suhdetta Pyhään saksalais-roomalaiseen keisarikuntaan.
Uskonpuhdistus jakoi Kaarle V valtakunnan. Monet Saksan alueen ruhtinaista omaksuivat protestanttisuuden ja vaativat laajempaa itsenäisyyttä. Espanjan ja Itävallan Habsburgien välillä alkoi jakautuminen.
Uskonpuhdistuksen Saksan todellinen jakautuminen tapahtui Schmalkaldenin sodassa 1546-1547. Lopulta Augsburgin uskonrauha vuonna 1555 merkitsi luterilaisuuden saavutusten pysyvyyttä. Kenen alue, sen uskonto- (”cuis regio, eius religio”) periaatteen mukaan ruhtinas sai päättää alueensa uskonnosta.
Trenton kirkolliskokous (1545-1563) käynnisti vastauskonpuhdistuksen. Vuoteen 1570 mennessä Saksa oli jakaantunut katolisiin, luterilaisiin ja pieniin kalvinistien ja zwingliläisten ryhmiin.
Kolmikymmenvuotinen sota (1618-1648) oli kulminaatiopiste uskonnon ja politiikan vuorovaikutuksessa. Kyseessä oli uskonsota, joka muuttui vuosikymmenessä kamppailuksi poliittisesta ylivallasta. Westfalenin rauha vuonna 1648 lopetti kolmikymmenvuotisen sodan. Se takasi kalvinisteille aseman laillisena uskontona katolilaisuuden ja luterilaisuuden rinnalla. Pyhä saksalais-roomalainen keisarikunta oli hajanaisempi kuin koskaan aiemmin. Pienet valtiot ja vahvemmat kaupunkivaltiot, kuten Baijeri, Saksi ja Brandenburg saivat lähes autonomisen aseman keisarikunnan sisällä.
1500-luvun Saksa
Preussin aikakausi
Preussi kasvoi vuosien 1640-1786 välisenä aikana keisarillisesta vaaliruhtinaskunnasta yhdeksi Euroopan viidestä suurvallasta. Preussi oli vuosisatoja jakaantunut kolmeen osaan. Suurin oli Brandenburgin markkreivikunta Elben ja Oderin välissä. Lisäksi siihen kuului Itä-Preussi, jonka perusti saksalainen ritarikunta 1200-luvulla. Pienin osa oli Reinin Preussi eli muutama pieni kreivikunta Reinin alueella. Markkreivit olivat rajojen hallitsijoina itsenäisempiä keisarin hallinnosta kuin muut ruhtinaat ja painottivat sotilaallista järjestäytymistä enemmän kuin länsisaksalaisille oli tyypillistä pitääkseen valloitetut alamaiset kontrollissa. Brandenburgin yhteiskunnallisen voiman lähteeksi muodostui maa-aateli eli junkkerit. Berliinin ja Cöllnin kaksoiskaupungeista muodostui tärkeä kaupallinen keskus 1200-luvulla, ja vuonna 1488 Berliinistä tuli markkreivien pääkaupunki. Entistä slaavialuetta yritettiin saksalaistaa tuomalla alueelle uudisasukkaita Alankomaista ja Reininmaalta.
Itä-Preussin alue oli 1600-luvun lopulle tultaessa asukasluvultaan selvästi suurempi kuin Brandenburg ja Köningsberg oli selvästi suurempi kuin brandenburgilaiset kaupungit. Itä-Preussi oli kärsinyt huomattavasti paljon vähemmän kolmikymmenvuotisesta sodasta.
Fredrik Vilhelm (1620-1688) ”Suuri vaaliruhtinas” hallitsi vuosina 1640-1688 ja valoi perustukset tulevalle Preussin kuningaskunnalle. Ranskalaiset hugenotit tulivat Brandenburgiin hänen hallintokaudellaan ja heistä tuli yksi merkittävimmistä vähemmistöistä. Fredrik Vilhelm loi Preussin kurinalaisen armeijan ja hänen aikanaan Preussi soti erityisesti Ruotsi-Suomea ja Puolaa vastaan. Puolalta uusi Brandenburg-Preussi onnistui myöhemmin valloittamaan Länsi-Preussin alueen ja saavutti näin yhtenäisen maa-alueen Itämeren etelärannalle. Fredrikin seuraajat Fredrik I ja Fredrik Vilhelm I tekivät Preussista yhä militaristisemman valtion. Jälkimmäinen oli yksinvaltias ja hän kasvatti myös poikaansa tulevaa Fredrik II Suurta spartalaiseen tapaan. Fredrik II Suuri oli Preussin merkittävin hallitsija. Hän oli valistunut itsevaltias ja kehitti mm. Preussin maataloutta, koulujärjestelmää, hallintoa ja armeijaa.
Fredrik II Suuren tavoitteena oli päästä eroon kaikesta alamaisuudesta Habsburgien keisarikunnalle ja korvata Preussilla Itävalta Saksan hallitsevana voimana. Preussi ja Itävalta sotivat useaan kertaan 1700-luvun kuluessa. Euroopan muut suurvallat, Ranska, Iso-Britannia ja Venäjä, liittoutuivat vuorotellen kummankin saksalaisen maailman johtovaltion puolelle. Ratkaisua sodissa ei löytynyt mutta Preussi sai uusia alueita mm. Sleesian. 1700-luvun loppuun mennessä Puola jaettiin kolmessa Puolan jaossa ja suurimman osan entisen Puolan alueista haukkasi Preussi.