Uskonpuhdistus oli käytännöllisesti katsottuna vallankumous. Se jakoi Saksan protestantteihin ja katolisiin ja muutti pysyvästi saksalaisten ruhtinaiden suhdetta Pyhään saksalais-roomalaiseen keisarikuntaan.

Uskonpuhdistus jakoi Kaarle V valtakunnan. Monet Saksan alueen ruhtinaista omaksuivat protestanttisuuden ja vaativat laajempaa itsenäisyyttä. Espanjan ja Itävallan Habsburgien välillä alkoi jakautuminen.

Uskonpuhdistuksen Saksan todellinen jakautuminen tapahtui Schmalkaldenin sodassa 1546-1547. Lopulta Augsburgin uskonrauha vuonna 1555 merkitsi luterilaisuuden saavutusten pysyvyyttä. Kenen alue, sen uskonto- (”cuis regio, eius religio”) periaatteen mukaan ruhtinas sai päättää alueensa uskonnosta.

Trenton kirkolliskokous (1545-1563) käynnisti vastauskonpuhdistuksen. Vuoteen 1570 mennessä Saksa oli jakaantunut katolisiin, luterilaisiin ja pieniin kalvinistien ja zwingliläisten ryhmiin.

Kolmikymmenvuotinen sota (1618-1648) oli kulminaatiopiste uskonnon ja politiikan vuorovaikutuksessa. Kyseessä oli uskonsota, joka muuttui vuosikymmenessä kamppailuksi poliittisesta ylivallasta. Westfalenin rauha vuonna 1648 lopetti kolmikymmenvuotisen sodan. Se takasi kalvinisteille aseman laillisena uskontona katolilaisuuden ja luterilaisuuden rinnalla. Pyhä saksalais-roomalainen keisarikunta oli hajanaisempi kuin koskaan aiemmin. Pienet valtiot ja vahvemmat kaupunkivaltiot, kuten Baijeri, Saksi ja Brandenburg saivat lähes autonomisen aseman keisarikunnan sisällä.