Joustavan perusopetuksen oppilaalle laaditaan oppimissuunnitelma tai tarkistetaan hänelle jo aiemmin laadittua oppimissuunnitelmaa. Suunnitelma laaditaan yhteistyössä oppilaan ja huoltajan kanssa. Se sisältää soveltuvin osin samoja osa-alueita kuin tehostetun tuen aikana laadittava oppimissuunnitelma. Lisäksi oppimissuunnitelmassa kuvataan oppilaan joustavan perusopetukseen liittyvät erityispiirteet, kuten opetuksen järjestäminen koulun ulkopuolisissa oppimisympäristöissä. Mikäli oppilas saa erityistä tukea, joustava perusopetus kuvataan vastaavalla tavalla henkilökohtaisessa opetuksen järjestämistä koskevassa suunnitelmassa eli HOJKSissa.