Kun arvioidaan ja suunnitellaan oppilaan tarvetta opiskella tavoitekokonaisuuksittain, konsultoidaan koulun erityisopettajaa ja tarvittaessa konsultoivia erityisopettajia. Luokanopettaja tai luokanohjaaja vastaa suunnitelman laatimisesta yhteistyössä aineenopettajien ja erityisopettajan kanssa. 

Oppilaan opiskelusta tavoitekokonaisuuksittain tehdään koulun rehtorin päätös opetussuunnitelman tavoitteista poikkeamisesta. Mikäli tavoitekokonaisuuksittain opiskeleva oppilas etenee muita nopeammin, päätökseen kirjataan, että oppilaalle ei tarjota oppilaskohtaisia tukitoimia, koska se ei ole oppilaan tilanteen kannalta tarkoituksenmukaista. Tavoitekokonaisuuksittain opiskelevalle oppilaalle, joka etenee muita hitaammin, tulee tarjota oppilaskohtaisia tukitoimia. 

Opinnoissa tavoitekokonaisuuksittain etenevä oppilas saa lukukauden päätteeksi todistuksen hyväksytysti suorittamistaan tavoitekokonaisuuksista ja siirtyy seuraavalle luokalle jatkamaan opintojaan siitä, mihin ne edellisenä lukuvuonna jäivät. Myös tavoitekokonaisuuksittain opiskelevan oppilaan kohdalla voidaan päätyä luokan kertaamiseen, mikäli opinnoissa eteneminen vuosiluokkajaksojen mukaisesti ei onnistu. Mikäli tavoitekokonaisuuksittain opiskeleva oppilas ei saa perusopetuksen oppimäärää suoritettua yhdeksännen vuosiluokan päätteeksi, hän voi jatkaa perusopetuksessa, kunnes hän saa perusopetuksen päättötodistuksen tai täyttää 17 vuotta. Täytettyään 17 vuotta hän voi saada joko erotodistuksen tai jatkaa erillisellä päätöksellä perusopetuksessa 18 ikävuoteen asti.