Mallinnus on keskeisessä osassa kemian opetusta. Kemian opetuksen sisältö ja ulottuvuudet ovat laajentaneet tarvetta mallintamisen syvempään ymmärtämiseen. Kokeellisemmat työt (ja yleensä autenttisempi lähestymistapa) kemiassa eivät riitä - kemia ei ole vain jännittäviä ilmiöitä tai hienojen asioiden tekemistä.

Nykyaikaisen tietokonepohjaisen molekyylimallinnuksen käyttö on osoittautunut erittäin tulokselliseksi kemian tutkimuksessa (Justi & Gilbert, 2002). Tietokonepohjainen molekyylimallinnus avaa erilaisia ​​mahdollisuuksia kemian opettamiseen (Aksela & Lundell, 2008). Barak ja Dori (2005) havaitsivat, että tietokonepohjaisten mallien käyttäminen auttoi oppilaita ymmärtämään kemiaa neljällä tasolla: makroskooppisella, mikroskooppisella, symbolisella ja kemiallisella prosessitasolla. He havaitsivat myös, että tietokonepohjaiset visuaaliset mallit auttoivat opiskelijoita ymmärtämään kemiallisia käsitteitä, teorioita ja molekyylirakenteita.