Molekyylien mallintamisen lisäksi kemian opetuksessa tärkeän lisän tuovat animaatiot ja simulaatiot. Simulaatioita löytyy runsaaasti PhET-palvelusta, jonka on luonut Coloradon yliopisto. ChemSence Animator -ohjelmalla opiskelija voi itse luoda animaation 



Animaation laatimisella mahdollistetaan erilaisten kemiallisten ilmöiden kuvaamisen. Kemialliset rekatiöt ja ilmiöit ovat usein liian nopeita ja silmin havaintokyvyn ulkopuolella. Tällöin niitä joudutaan kuvaamaan animaatioilla ja erilaisilla malleilla.