Hakukoneilla on paljon hyviä puolia, mutta alla olevat negatiiviset tekijät on hyvä tiedostaa:

Personoidut hakutulokset
Olet ehkä joskus huomannut, että kaverisi tekemä haku samoilla hakusanoilla on saattanut näyttää aivan erilaiselta. Hakutulosten käyttäjäkohtainen personointi pyrkii esittämään juuri sinua kiinnostavia tuloksia perustuen hakuhistoriaasi, kieleesi tai sijaintiisi. Jos olet kirjautunut älypuhelimeesi Google-tilillä, vaikuttaa tämäkin hakutuloksiisi, ellet ole erikseen määritellyt mainosasetuksia. Myös selaimen välimuisti ja evästeet vaikuttavat hakutuloksiisi.

Yksilölliset hakutulokset parantavat monesti käyttäjäkokemusta, kun vaikkapa löydät ne autokorjaamot helpommin, jotka ovat lähelläsi, kuin ne jotka ovat Ruotsissa. Joskus personointi on kuitenkin este tiedonhaulle, kun yrität löytää vaikkapa juuri ruotsalaisia autokorjaamoja Suomesta käsin.

Jos haluatkin personoimattoman hakutuloksen, on syytä käyttää yksityistä selausta (incognito), tyhjentää välimuisti ja evästeet tai hyödyntää jotain muuta anonymiteetin luovaa välinettä tai työkalua.

Sivustojen sijoitus
Hakukoneet lajittelevat tuloksia joskus suosituimmuusperusteisesti (sen perusteella kuinka usein niihin linkitetään), vaikka suosituin tai yleisin web-sivu ei olisi hakusi kannalta hyödyllisin. Esimerkiksi Wikipedia sisältää runsaasti linkkejä, minkä vuoksi se nousee yleensä hakutuloksissa korkealle.

Kaupallisuus
Google tarjoaa ilmaiseksi monia palveluita, mutta se ei tee sitä hyvää hyvyyttään. Ilmaisuus on mahdollista vain mainostulojen vuoksi. Google myy mainospaikkoja , jotka ovat nähtävissä heti ensimmäisellä hakusivulla. Vuoden 2020 alusta Google sääti mainosten ulkonäköä muistuttamaan huomattavasti varsinaisia hakutuloksia. Mainoksen erottaa hakutuloksista enää tummennettu "mainos" mainoksen edellä tai himmeä oikeassa laidassa oleva merkintä "ads".

(klikkaa kuvia, jos ne näkyvät liian pieninä)

Vain pintatason tietoa?
Hakukoneilla voidaan päästä käsiksi vain murto-osaan Internetissä olevista tiedoista (arviolta n. 16%), kuten alla oleva kuva havainnollistaa.


(Created by Uwe Kils (iceberg) and User:Wiska Bodo (sky). / CC BY-SA)

Suurin osa Internetin informaatiosta on syvä/näkymättömässä webissä, johon hakukoneilla ei ole pääsyä. Kuten yläpuolen kuvassa on listattu, voi näkymättömyys johtua linkittömyydestä tai jollain tavalla salatusta tai rajoitetusta sisällöstä. 


Hakutulosten jatkuva muuttuminen
Sivustojen paremmuusjärjestys hakukoneiden indeksissä muuttuu jatkuvasti. Linkkejä muutetaan ja poistetaan, sivuja päivitetään ja perustetaan sekä kriteerejä, joilla hakutuloksia järjestetään säädetään jatkuvasti. Tämän vuoksi saamasi hakutulokset voivat olla lyhyenkin ajan päästä erilaisia. Tulsoten jatkuvan elämisen vuoksi on viisasta tallentaa heti löydetyt hyödylliset tiedot, jotteivät ne pääse hukkumaan.