Koulun toimintatapoja ja opetusmenetelmiä kehitetään niin, että ne vastaavat joustavaan perusopetukseen valittujen oppilaiden yksilöllisiä tarpeita. Erityistä huomiota kiinnitetään työmuotoihin, joilla lisätään oppilaiden osallisuutta ja yhteenkuuluvuutta kouluyhteisössä sekä vahvistetaan huoltajien ja kaikkien joustavassa perusopetuksessa työskentelevien yhteistä kasvatustyötä. Opetuksessa painotetaan toiminnallisia ja työpainotteisia opiskelumenetelmiä.

Joustava perusopetus järjestetään pienryhmämuotoisesti koulussa, työpaikoilla ja muissa oppimisympäristöissä moniammatillista yhteistyötä sekä tuki- ja neuvontapalveluita käyttäen. Opettajan lisäksi toimintaan osallistuu nuorten sosiaalisen kasvun tukemiseen, perheiden kanssa tehtävään yhteistyöhön sekä muuhun tuki- ja neuvontatyöhön perehtynyt, opetuksen järjestäjän nimeämä ammattilainen. Opetusta voidaan tarvittaessa antaa osittain myös muun opetusryhmän yhteydessä.