Solurakenteen perusteella eliöt voidaan luokitella kahteen osaan: esi- ja aitotumaisiin eliöihin. Kaikki muut paitsi arkit ja bakteerit ovat aitotumaisia eliöitä. Esitumaiset solut ovat kooltaan aitotumaisia pienempiä ja rakenteeltaan yksinkertaisempia. Esitumaisen eliön perintöaines on solulimassa, kun taas aitotumaisen eliön kromosomit geeneineen sijaitsevat tumakotelon sisällä tumassa.

Linné luokitteli aikanaan eliöt vain kahteen pääryhmään: kasvi- ja eläinkuntaan. Sittemmin tätä jakoa on tarkennettu ja muokattu. Esimerkiksi sienet on erotettu kasveista ja arkit bakteereista omiksi ryhmikseen.

Eliökunta on perinteisesti jaettu kuuteen kuntaan. Tämä kuuden kunnan järjestelmä jakaa eliöt 1) bakteereihin, 2) arkkeihin, 3) alkueliöihin eli protisteihin, 4) kasveihin, 5) sieniin ja 6) eläimiin. Molekyylibiologisten tutkimusten perustella on kuitenkin esitetty eliöiden jakamista kolmeen superkuntaan eli domeeniin: 1) arkkeihin, 2) bakteereihin ja 3) aitotumaisiin. Arkkeja ja bakteereja kutsutaan yhteisesti esitumaisiksi.

Kuusi kuntaa: arkit, bakteerit, alkueliöt eli protistit, sienet, kasvit ja eläimet. Katso materiaalia eliökunnista omasta lisäluvusta.

Kolme domeenia: arkit, bakteerit ja aitotumaiset (aitotumaisiin kuuluvat alkueliöt eli protistit, sienet, kasvit ja eläimet)


​​
Luokittelun kolmijakomallin käyttäminen on perusteltua, koska se kuvaa kuusikuntamallia paremmin eliöiden välisiä sukulaisuussuhteita ja siten niiden kehityshistoriaa. Aitotumaisiin kuuluvien sienten, kasvien ja eläinten väliset erot evolutiivisissa sukulaisuussuhteissa eivät ole niin suuria kuin erot bakteerien ja aitotumaisten välillä.

Luokittelu kuntiin ei ole ehdoton totuus, vaan se heijastelee aikaisemmin vallinnutta käsitystä lajien sukulaisuussuhteista. Eliökunnan luokittelu on muuttunut ja muuttuu ajan kuluessa. Esimerkiksi sienet on erotettu omaksi kunnaksi erilleen kasveista. Samoin arkit on siirretty luokittelussa omaan kuudenteen kuntaan erikseen bakteereista. Erityisesti alkueliöiden kunta on kirjava kokonaisuus, johon on sijoitettu kaikki muut eliöt paitsi esitumaiset, kasvit, eläimet ja varsinaiset sienet. Alkueläinten kunnan luokittelu tarkentuu jatkuvasti tiedon ja teknologian kehittyessä kuten muukin luokittelu.


Eliökunnan luokittelussa ei ole yhtä ainoaa oikeaa tapaa. Kuuteen kuntaan jakoa on käytetty esimerkiksi koulubiologiassa. Domeeneihin luokittelu on nykyisin käytössä erityisesti tieteessä.

Viruksia ei ole luokiteltu lainkaan eliökuntaan kuuluviksi, ks. luku 3.

Eliökunnan kuusi kuntaa ja kolme domeenia

Kunta	Domeeni	Erityispiirteet	Esimerkkilajeja
Esitumaiset
Bakteerit	Bakteerit	Mikroskoppisen pieniä, yksisoluisia, tumattomia (ns. esitumaisia). Sekä oma- että toisenvaraisia lajeja. Lisääntyvät suvuttomasti.	Kolibakteeri, syanobakteerit
Arkit	Arkit	Mikroskooppisen pieniä, yksisoluisia, tumattomia (ns. esitumaisia). Sekä oma- että toisenvaraisia lajeja. Lisääntyvät suvuttomasti.	Metanogeenit (metaania tuottavat arkit)
Aitotumaiset
Alkueliöt eli protistit	Aitotumaiset	Yksi- ja monisoluisia, tumallisia lajeja. Sekä oma- että toisenvaraisia lajeja. Suvuton tai suvullinen lisääntyminen.	Levät, limasienet ja alkueläimet. Tohvelieläin, viher- ja ruskolevät, malarialoisio
Kasvit	Aitotumaiset	Monisoluisia, tumallisia lajeja. Suurin osa omavaraisia. Solussa soluseinä. Solut muodostavat kasvisolukoita. Suvuton tai suvullinen lisääntyminen (tai sukupolvenvuorottelua).	Karhunsammal, sananjalka, mänty, voikukka
Sienet	Aitotumaiset	Yksi- ja monisoluisia, tumallisia lajeja. Toisenvaraisia. Solussa soluseinä kuten kasveilla. Lisääntyvät suvuttomasti itiöiden avulla tai suvullisesti.	Leivinhiiva, taulakääpä, valkokärpässieni
Eläimet	Aitotumaiset	Monisoluisia, tumallisia lajeja. Solut muodostavat kudoksia. Soluissa ei soluseinää. Toisenvaraisia. Pääosin suvullista lisääntymistä.	Korvameduusa, ritariperhonen, ihminen