Erityisen tuen järjestämisessä Kuopiossa noudatetaan joustavan resurssin käytön periaatetta, jonka mukaan koulu voi kulloistenkin tarpeidensa mukaan muuttaa painopistettä osa-aikaisen tai luokkamuotoisen erityisopetuksen kesken. Perusopetuslaissa säädetyistä tukimuodoista koulunkäynninohjaajaresurssi on myös suunnattavissa koulukohtaisesti oppilaiden tarpeiden mukaan.

Painopiste erityisen tuen antamisessa on osa-aikaisessa erityisopetuksessa, jolloin oppilas opiskelee pääsääntöisesti yleisopetusryhmässä. Toteutustapoina mm. yksilöllinen tai pienessä ryhmässä annettu erityisopetus, samanaikaisopetus yleisopetusryhmän oppitunnilla, opetusryhmän jakaminen yhdessä opettajan kanssa. Paikallisten tarpeiden pohjalta voi koulukohtaisesti olla tarkoituksenmukaista luoda myös muita toimintatapoja erityisen tuen toteuttamiseksi.

Luokkamuotoista erityisopetusta järjestetään koulujen yhteistoimintaan perustuvissa alueellisissa erityisluokissa ja koulujen omissa erityisluokissa. Tavoitteena on tarjota pääsääntöisesti yleisopetusryhmässä opiskelevalle oppilaalle mahdollisuus osallistua tarvittaessa erityisluokassa annettavaan opetukseen. Vastaavasti pääsääntöisesti erityisluokassa opiskelevalle tarjotaan mahdollisuus opiskella yleisopetuksen ryhmässä.

Kokoaikaisen erityisopetuksen tarve ja edellytykset täyttyvät, jos oppilas opiskelee yli 50% luokkamuotoisessa erityisopetuksessa.

Kuopiossa on myös kaupunkitasoista tai laajoihin alueellisiin jakoihin perustuvaa keskitettyä luokkamuotoista erityisopetusta. Omissa opetusryhmissään tarjotaan kehitysvammaisille suunnattua opetusta, vaikea-asteiseen kielellisen kehityksen häiriöön liittyvää opetusta ja opetusta sosioemotionaalisesti vaikeimmin oireileville oppilaille.