Vaikka muutokset tapahtuvat yksilön perimässä, valinta ei kuitenkaan kohdistu yksilön genotyyppiin vaan ilmiasuun eli fenotyyppiin. Valinta kohdistuu yksilön eri ominaisuuksien yhdistelmään. Tällaista valintaa kutsutaan yksilövalinnaksi. Sen vuoksi monet mutaatioiden aikaansaamat hyödyllisetkin alleelit voivat karsiutua evoluutiossa pois populaatiosta.

Joskus valinta voi kohdistua myös yhteen geeniin. Esimerkiksi dominoiva alleeli, joka aiheuttaa vakavan sairauden, karsiutuu nopeasti pois populaatiosta. Tällaista valintaa kutsutaan geenivalinnaksi.

Monilla hyönteisillä kuten mehiläisillä esiintyy sukulaisvalintaa. Tällöin yksilö ei itse välttämättä lisäänny vaan auttaa sukulaisiaan tuottamaan jälkeläisiä mahdollisimman tehokkaasti. Yksilön omat geenit eivät siis siirry jälkeläisille. Sen sijaan sen lähisukulaisilla on hyvin samanlaiset geenit kuin sillä itsellä. Jos tämä sukulainen lisääntyy tehokkaasti, sen geenit lisääntyvät populaatiossa. Auttamalla sukulaisiaan yksilö edistää myös omien geenien leviämistä populaatiossa.