Kaikista geeneistä ei ole olemassa dominoivia ja resessiivisiä alleeleja vaan molemmat alleelit vaikuttavat jälkeläisten ulkonäköön. Tätä kutsutaan epätäydelliseksi dominanssiksi. Epätäydellinen dominanssi johtaa välimuotoiseen periytymiseen. Tällöin molempien alleelien vaikutus ilmenee heterotsygoottisessa yksilössä yhtä voimakkaana.

Esimerkiksi leijonankidan kukan väriin vaikuttaa kaksi alleelia, joita merkitään yläindeksin avulla. V^V aiheuttaa valkoisen värin ja V^P punaisen värin. Homotsygoottiset yksilöt ovat joko valkoisia (V^VV^V) tai punaisia (V^PV^P). Sen sijaan heterotsygoottiset yksilöt (V^VV^P) ovat vaaleanpunaisia eli välimuotoisia.

Epätäydellisen dominanssin tapauksessa molemmat alleelit saavat aikaan kukan väriin vaikuttavan proteiinin tuotannon. Kun punaista väriä tuottavia geenejä on yksi kappale vähemmän, myös punaista väriä tuotetaan vähemmän. Tämän vuoksi leijonankidan kukat eivät muutu tummanpunaisiksi vaan jäävät vaaleanpunaisiksi.