Koska kaikki eliöt ovat sukua toisilleen, lajien välisten ja saman lajin yksilöiden perimän vertailu voi paljastaa monenlaista tietoa. Käytännössä perimästä vertaillaan kromosomien lukumäärää ja DNA:n emäsjärjestystä lähisukulaislajien kesken. Lajien välisten erojen määrästä ja erojen kertymisen nopeudesta voidaan muun muassa päätellä, koska kaksi lajia ovat eriytyneet omiksi kehityslinjoikseen. Lajin sisäisestä geneettisestä muuntelusta voidaan päätellä, minkä geenien alueella on tapahtunut viime aikoina valintaa – käytännössä siis koska hyödylliset tai haitalliset mutaatiot ovat ilmaantuneet.

Lisäksi vertailemalla eroja perimässä eri alueilla pystytään tekemään päätelmiä lajien maantieteellisestä historiasta. Esimerkiksi ihmisellä on kaikkein suurin geneettinen monimuotoisuus Afrikan alueelta ja lähes kaikki monimuotoisuus muualla maailmassa on osa tätä afrikkalaista monimuotoisuutta. Tämän takia on päätelty, että ihminen lajina syntyi aikanaan Afrikassa ja että sieltä lähtenyt pieni osajoukko valloitti muun maailman.


Geneettisten menetelmien avulla voidaan selvittää ihmisen leviämishistoriaa. Kuvassa on esitetty eurooppalaisten kansojen Y-kromosomityypit (haplotyypit) alueittain. Lisäksi on kuvattu eri haplotyyppien evoluutiohistoria.