Sitruunahappokierto tapahtuu glykolyysin jälkeen, jos happea on saatavilla. Siinä pyruvaatti hajotetaan hiilidioksidiksi. Reaktiosta ylijäävät elektronit siirretään solun elektroninsiirtäjille (mm. NADH), jotka toimittavat ne elektroninsiirtoketjulle. Sitruunahappokierrossa muodostuu myös ATP:ta.