Molekyylit muodostavat keskenään myös niin sanottuja heikkoja sidoksia. Molekyyli voi olla poolinen, jos siinä olevat elektronit eivät ole jakautuneet tasaisesti koko molekyylin alueella. Vetyä sisältävät pooliset molekyylit voivat muodostaa keskenään suhteellisen vahvoja vetysidoksia. Esimerkiksi dna:n rakennetta pitävät kasassa emästen väliset vetysidokset.

Poolittomien molekyylien välillä voi vallita myös heikkoja dispersiovoimia, jotka aiheutuvat molekyylien hetkellisestä polarisoitumisesta. Nämä sidokset ovat huomattavasti heikompia kuin vetysidokset. Dispersiovoimia kutsutaan myös van der Waalsin voimiksi.

Kemiallisessa reaktiossa kemialliset sidokset rikkoontuvat ja muodostuu uusia sidoksia. Esimerkiksi vetykloridihapon (HCl) ja natriumhydroksidin (NaOH) välisessä reaktiossa

HCl + NaOH ➞ H₂O + NaCl

muodostuu vettä ja natriumkloridia eli ruokasuolaa.