Massaspektrometrisessa määrityksessä näyte hyörystetään kaasuksi ja sitä pommitetaan elektroneilla. Osa näytteen molekyyleistä menettää elektroneja ja varautuu (syntyy ioni) tai hajoaa pienemmiksi osasiksi. Varatut hiukkaset ohjataan sähkö- ja magneettikenttään ja sieltä edelleen detektorille, ilmaisimelle. Massaspektrit kertovat pääsääntöisesti molekyylien moolimassan. Massaspektrometriaa käytetään yleensäkin erimassaisten alkuaineiden, isotooppien ja molekyylien määrittämiseen.

Käytössä olevat spektrikirjastot antavat hieman eri tavalla informaatiota. Massaspektrin rakenne riippuu olosuhteista – kuinka paljon molekyyli pilkkoutuu.

Seuraavissa kuvissa etanolin ja 1-propanolin massaspektrit (kuvat SDBS-tietokannasta, spektreissä mainittu suoraan molekyyli-ionin moolimassa).




Massaspektri ei aina anna kunnon spektripiikkiä molekyyli-ionista, koska se saattaa hajota pienemmiksi isoksi lähes täysin. Moolimassa-tieto kuitenkin ilmoitetaan, vaikka spektristä ei sitä suoraan voisi päätellä.