Rauman Lyseon lukiossa on tarjolla 25 eri oppiainetta. Opiskelu tapahtuu opintojaksoittain. Jokainen pakollisiin tai valtakunnallisiin valinnaisiin opintoihin kuuluva opintojakso sisältää yhden tai useamman opetussuunnitelman valtakunnallisissa perusteissa määritetyn moduulin. Koulussamme on oppiaineiden omia opintojaksoja ja eri oppiaineiden muodostamia yhteisiä opintojaksoja. Tällainen yhteinen opintojakso on esimerkiksi "Luonnontieteiden perusteet (FY1+KE1), 2 op", mikä sisältää valtakunnallisten perusteiden moduulit FY1 ja KE1.

Koulukohtaisiin valinnaisiin opintoihin kuuluvat opintojaksot on muodostettu koulukohtaisten moduulien perusteella. Valtakunnallisten opintojen tapaan opintojakson nimestä ilmenee, minkä oppiaineen moduulit opintojakson suoritus tuottaa kirjattavaksi todistukseen. Koulukohtaisten opintojaksojen osalta ei ole olemassa valtakunnallisia perusteita vastaavaa kirjausta yksittäisten moduulien tavoitteista ja keskeisistä sisällöistä, vaan ainoastaan koulukohtaisen opintojakson tavoitteet ja keskeiset sisällöt.