Kyyjärvellä valmistavassa opetuksessa olevan oppilaan hyvinvoinnissa huomioidaan oppilas kokonaisvaltaisesti. Kodin ja koulun yhteistyössä käytetään tarvittaessa tulkkia ja hyödynnetään yhteydenpitoa muiden sidosryhmien kanssa. Jos oppilaalla ilmenee tarvetta oppimisen tai koulunkäynnin tukeen, järjestetään tuki oppilaalle soveltuvalla tavalla. Oppilashuollollisen tuen ja oppilaanohjauksen määrittelyssä hyödynnetään soveltuvin osin perusopetuksen opetussuunnitelman perusteita. Toiminnassa sitoudutaan kasvatuksen ja oppimistavoitteiden tukemiseen ja perusopetuksen yhtenäisyyteen sekä rakentavaan toimintakulttuuriin.

Hyvinvoinnissa keskitytään arjen taitojen, muun muassa päivärytmin, ruokailun ja hygienian opetteluun.