Harjoitus Marvin
MarvinSketch
Tehtäviä (Vaikea):
A. Osa yksi
- Piirretään vesimolekyyli, siistitään se V-muotoon, merkitään siihen δ+ ja δ−. Kopioidaan vesimolekyyliä ja piirretään vetysidoksia.
- Opetellaan siirtämään ja kääntämään vesimolekyyliä
- Piirretään ioneja ja piirretään ioni-dipolisidoksia.
- Tutkitaan molekyylin poolisuutta Charge-toiminnolla.
B. Osa kaksi
- Piirretään perushiilivetyjä, opetellaan piirtämään viivakaavaa ja täydellistä kaavaa.
- Opetellaan nimeäminen.
Ohjeita MarvinSKetchin käyttöön (Aloittelija)
Piirrä oheista työkalua käyttäen kuusi hiiliatomia sisältävä molekyyli. Lisää 2. hiiliatomiin kloori Ohje: valitse oikeanpuoleisesta listasta klooriatomi, vie hiiri lisättävän hiilen päälle, paina vasen nappi pohjaan ja vedä sivuun) Jos rakenteessa ei näy hiiliatomeja, saat ne näkyviin seuraavasti: Edit − Preferences − Structure − Carbon Lables − Always
Poista yksi hiiliatomi hiiliketjun päästä oheisella työkalulla. Tämän jälkeen poista koko molekyyli ”yhdellä vedolla”. Voit tyhjentää kaiken myös valitsemalla File välilehdestä New ja Clear Desk.
Piirrä oheista työkalua käyttäen syklopentaani. MarvinSketch ”siistii” rakenteen automaattisesti valitsemalla Structure välilehdestä Clean 2D ja Clean in 2D(pikanäppäinyhdistelmä Ctrl ja 2).
Voit siirtää piirrettyjä kohteita siten, että valitset oheisen työkalun ja valitset siirrettävän kohteen. Vie hiiren kursori valitun kohteen päälle. Siirto tapahtuu, kun näet sinisen yhtenäisen neliön valitussa kohteessa. Kokeile siirtoa.
Kysymys: Mitä tapahtuu klikkaamalla kohdetta, kun näet sahalaitaisen ”sirkkelin terän”?
Vastaus: Molekyyliä voi pyörittää.
Kysymys: Mitä tapahtuu, kun nurkat ovat yhtenäiset, mutta sivut ovat katkoviivoja?
Vastaus: Molekyyliä voi zuumata suuremmaksi tai pienemmäksi.
Vaihda edellisen kohdan molekyyliin kaksoissidos haluamaasi kohtaan hiiliatomien väliin valitsemalla oheisen työkalun mustasta nuolesta sopiva sidos. Tarkastele mitä muita sidoksia valikosta löytyy.
Kemian YO-kirjoituksissa hyväksytään rakennekaavojen erilaiset esitystavat. Kuitenkin joissakin tilanteissa on pakollista, että vedyt piirretään näkyville esimerkiksi, kun mallinnetaan vetysidosta molekyylien välillä.
Piirrä kaksi alkoholia ja valitse Structure välilehdestä Add ja Explicit Hydrogens. Tämän jälkeen valitse erilaisista sidoksista Any, joka mallintaa vetysidosta ja piirrä se piirtämäsi kahden alkoholin välille. Kierrä ja siirrä molekyylejä tarvittaessa!
Vedyt voi lisätä myös piirtämällä saman tapaisesti kuten kohdassa 1. lisättiin klooria!
Jos haluat myös hiiliatomit näkyviin, valitse Edit välilehdestä Preferences ja muuta kuvan mukainen asetus:
7.Huomaa, ettei MarvinSketchissä ei ole erilaista merkintää dipoli-dipolisidokselle tai dispersiovoimille. Siispä näissä tilanteissa käytä Any sidosta kuten vetysidoksen tapauksessa mutta kaikissa tapauksissa merkitse myös vuorovaikutus näkyviin seuraavalla toiminnolla.
Harjoittele tekstin syöttämistä ja tekstin siirtämistä käyttämällä oheisa työkalua.
8.Piirrä etaani. Mitä tietoja saat etaanista, kun valitset Calculations välilehdestä Elemental Analysis? Onko Molecular weight vai Exact molecular weight molekyylin moolimassa? Elemental analysis toimii vain yhdelle molekyylille kerrallaan!
9.Valitse Structure välilehdestä Generate Name…. Vertaa Preferred IUPAC Nameja Traditional Name toimintoja.
Kysymys: Mikä olisi nimi suomeksi?
10.Vertaile MarvinSketchin antamaan nimeä ja oppikirjassa esitettyjen nimeämissääntöjen perusteella annettua nimeä seuraaville yhdisteille:
2-kloori-3-bromipentaani
cis-1,2-difluorisyklopropaani
Pohdi, kuinka MarvinSketch auttaa yhdisteen nimeämisessä.
11.Harjoittele reaktioyhtälön kirjoittamista esimerkiksi seuraavasti:
𝐶𝑎𝐹2(𝑠)→𝐶𝑎2+(𝑎𝑞)+2𝐹−(𝑎𝑞)CaF2(s)→Ca2+(aq)+2F−(aq)Vinkki: potenssin voit syöttää ^painamalla samanaikaisesti alt ja ↓ merkillä ja alaindeksin alt ja ↑ merkillä!
Kaavan voit kirjoittaa myös MarvinSketchillä tekstin kirjoitustyökalulla. Ala- ja yläindeksit löytyvät vasemmasta alareunasta valittuasi työkalun. Vertaa kummalla tavalla kaavat on helpompi kirjoittaa!