Yksinkertaisten sidoksien muuttaminen onnistuu mm. klikkaamalla olemassa olevaa sidosta uudelleen, jolloin se muuttuu kaksoissidokseksi. Klikkaaminen automaattisesti poistaa ylimääräiset vedyt (niin hiili- kuin heteroatomeistakin). Toinen mahdollisuus on valita valikoista ja ikoneista halutut sidostyypit. 

Sidoksien määrittelyssä valikoista on kolme mahdollisuutta: Vaakavalikossa kohdasta Insert | Bond ja Bond | Type valinnoilla löytyvät valinnat , sen lisäksi vasemman reunan ensimmäisestä painikkeesta. 

PÄIVITÄ KUVAT

Vaakavalikon kautta:	Vasemman reunan painikkeet

Sidokset

Kuvissa on paljon erilaisia vaihtoehtoja, jotka esitelty taulukossa.

Erilaiset sidokset: Yksikertainen sidos Kaksoissidos Kolmoissidos Aromaattisen sidoksen esitysmuoto (delokalisoituneet kaksoissidokset) - - - - - -  Single Up ja Down valinnat liittyvät 2D-piirtämiseen, jossa ryhmien voidaan kuvata olevan joko tason yläpuolella ja alapuolella. Tämä on hyödyllistä varsinkin stereoisomeriaa kuvattaessa 2D-kuvissa. - - - - - -  Any -valinta (katkoviiva) sopii vetysidoksien (ym. heikkojen sidoksien kuvaamiseen). - - - - - - Koordinaatiosidos (katso oma kappale)