MarvinSketchissä molekyylin siirtäminen ja pyörittäminen ruudulla aloitetaan valitsemalla molekyyli. Vaakavalikon alla olevista painikkeista ensimmäinen valitaan (kuten kuvassa - valinta näkyy sinisenä). Kun hiirellä siirrytään molekyylin viereen, valitaan hiiri alas painettuna koko molekyylin alue. Valinta näkyy vihreällä värillä. 


Molekyylin pyörittäminen onnistuu, kun valinnan jälkeen hiiri siirretään molekyylin sisälle ja saadaan näkyviin (kuvassa) ratas. Tämän jälkeen molekyyliä voidaan pyörittää. 


Molekyylin siirtäminen työpöydällä onnistuu, kun valinnan jälkeen hiiri tuo esiin pienen neliön molekyylin päälle (kuva alla).

Molekyylin kokoa voi myös muuttaa työpöydällä. Kun valinta on isompi suorakulmio, vetämällä kulmasta, voidaan säätää kokoa.