MarvinSketch mahdollistaa hyvin erilaisten orgaanisten reaktioyhtälöiden kirjoittamisen. Copy-paste-toiminnon avulla molekyylien on helppo kopioida seuraaviin reaktion vaiheisiin. 

Reaktioyhtälöt ja automaattinen plus-merkki

Ohjelmassa on oletusarvoisesti valittuna "automaattinen plus-merkin lisäys" (Automatic Plus Sign in Sigle Step Reactions). Tämän, kuten valinnassakin on todettu, toimii yksivaiheisten reaktioiden tapauksissa.	Monivaiheiseissa se tuottaa hieman hankaluuksia, joten valinnan kannattaa poistaa niissä tapauksissa ja lisätä plus-merkit tekstityökalulla.