Oppilaskunnan muodostavat koulun oppilaat, ja oppilaskuntaa edustaa oppilaskunnan hallitus, johon valitaan edustajat yläkoulun jokaiselta luokka-asteelta. Oppilaskunnan hallitus on oppilaiden keino järjestäytyä, tulla kuulluksi sekä osallistua ja vaikuttaa päätöksentekoon.
Jokivarren koulussa alaluokkien (1.-6 lk.) oppilaita edustavat miniministerit, yläluokkien (7-9. lk) oppilaita oppilaskunnan hallitus.
Lukuvuonna 2023-2024 alakoulun miniministereiden ohjaavana opettajana toimii Miia Heino-Mäkinen, yläkoulun oppilaskunnan ohjaavana opettaja puolestaan Juhani Itäpää.