3. Alkuaineiden järjestys perustuu ytimen protonien lukumäärään
Nykyisessä jaksollisessa järjestelmässä alkuaineet ovat peräkkäin kasvavan järjestysluvun Z perusteella. Järjestysluku on ytimessä olevien protonien lukumäärä. Näin muodostettu järjestys poikkeaa vain muutaman alkuaineen kohdalla Mendelejevin versiosta.
Heliumatomissa on kaksi protonia. Heliumin järjestysluku on siis 2.
Jaksollinen järjestelmä pitää sisällään monipuolista tietoa alkuaineen rakenteesta ja sen kemiallisista ominaisuuksista. Alkuaineen tunnus eli sen kemiallinen merkki kirjoitetaan kirjaimilla ja merkitään laatikkoon. Kemiallisen merkin yläpuolella oleva luku on kyseisen aineen järjestysluku eli ytimessä olevien protonien lukumäärä. Kemiallisen merkin alapuolella oleva luku on kyseisen alkuaineen atomimassa. Atomimassaa kutsutaan massaluvuksi.