Bakteereja ja arkkeja tavataan runsaslukuisina monenlaisissa, myös vaativissa elinympäristöissä. Ne sietävät usein erilaisia ääriolosuhteita. Osa bakteereista ja arkeista pystyy elämään hapettomissa olosuhteissa () vaikka yleensä eliöt vaativat hapellisen () elinympäristön pysyäkseen hengissä.

Arkeissa ja bakteereissa on sekä oma- että toisenvaraisia lajeja. Omavaraiset arkit eivät pysty fotosynteesiin, vaan ne saavat energiansa avulla. Omavaraiset bakteerit yhteyttävät joko kemo- tai fotosynteesin avulla.

ovat fotosynteesiin kykeneviä bakteereja, joita kutsutaan yleiskielessä virheellisesti .

Usein bakteerit mielletään taudinaiheuttajiksi. Bakteereista on myös paljon hyötyä. Ekosysteemit eivät toimi ilman hajottajabakteereja, joiden ansiosta aineet kiertävät ekosysteemissä takaisin tuottajille. Osa bakteereista elää toisen eliön kanssa molemminpuolisessa hyötysuhteessa eli .