Esimerkiksi vuoriston tai meren aiheuttaman maantieteellisen isolaation seurauksena tapahtuvaa lajiutumista kutsutaan allopatriseksi lajiutumiseksi. Useimmiten allopatrinen lajiutuminen on tapahtunut ympäristömuutosten tai mannerliikuntojen takia. Esimerkiksi merenkorkeuden vaihtelut ovat esimerkiksi eristäneet hyljepopulaatiota, kuten saimaannorpan ja laatokannorpan, omille alueilleen. Jääkauden aikaiset ympäristönmuutokset ovat merkittävä Euroopan lajiston lajiutumisen selittäjä.

Toisistaan eristyksissä olevat populaatiot kehittyvät geneettisesti eri suuntiin, ja niiden välille kehittyy myös muita lisääntymisesteitä. Lopulta populaatioiden välillä on niin paljon perinnöllisiä eroja, etteivät näiden eri populaatioiden yksilöt enää pysty lisääntymään keskenään, vaikka populaatiot kohtaisivat myöhemmin uudestaan.