Pääosin luonnonvalinta tapahtuu yksilön tasolla. Tämä tarkoittaa sitä, että monet eri ominaisuudet vaikuttavat yhdessä yksilön kelpoisuuden muodostumiseen. Yksilön ominaisuudet myös vaikuttavat toisiinsa, sillä jonkin ominaisuuden saaminen voi sulkea pois toisen ominaisuuden. Esimerkiksi linnut tarvitsevat lentokykyä varten siivet, jolloin on mahdotonta käyttää samaa raajaa tarttumiseen. Lohilla nopeampi lisääntyminen vähentää riskiä joutua isomman kalan saaliiksi, mutta toisaalta vanhempi, isompikokoinen kala lisääntyy paremmin, jos pääsee kudulle asti. Tällöin puhutaan, että ominaisuuksien välillä on ristiriesa (trade-off). Usein luonnonvalinnan avulla eliöt saavuttavat jonkinlaisen optimin eri vaihtoehtojen välillä.

​Luonnonvalinta voi myös kohdistua yksilön sukulaisiin. Muurahaistyöläiset ovat lisääntymiskyvyttömiä, joten niiden suora kelpoisuus on nolla. Darwin tuskaili pitkään muurahaistyöläisten kanssa, koska hänen teoriansa ei pystynyt osoittamaan, miksi tällaisten yksilöiden olemassaolo oli mahdollista. Myöhemmin kuitenkin tajuttiin, että jos muurahaistyöläiset auttavat lähisukulaistensa, usein äitinsä lisääntymismenestyksessä, ne voivat saada epäsuoraa kelpoisuutta. Koska muurahaistyöläinen jakaa äitinsä kanssa keskimäärin puolet geeneistään, se saa epäsuoraa hyötyä äitinsä jälkeläisten hoitamisesta. Luonnonvalinta voi näin suosia epäitsekästä käyttäytymistä eli altruismia. Muurahaisten tapauksessa on altruistista jättää lisääntymättä, jotta voi hoitaa sukulaisen jälkeläisiä. Ilmiö on vahvimmillaan yhteiskuntamuurahaisissa, mutta myös monet nisäkkäät, kuten mangustit, ovat altruistisia.

Kuvassa paviaanit poistavat loisia toisiltaan – tässä tapauksessa kyseessä on vastavuoroinen altruismi.