Petäjäveden yläasteella valinnaisaineita opiskellaan 8. ja 9. luokalla. Valittavana on sekä kahden, yhden että puolen vuoden valinnaisaineita. Kahden vuoden valinnaisaineet valitaan 7. luokan keväällä ja muut valinnaisaineet 7. tai 8. luokan keväällä.Valinnaisaineita valitaan yhteensä kuusi tuntia, joista kaksi tuntia on valittava taito- ja taideaineita.

Yhden ja puolen vuoden valinnaisaineiden tarjonta vaihtelee vuosittain.