Mikael Agricolan syntymäkoti oli Pernajassa, Uudellamaalla. Agricolan isä oli varakas maanviljelijä, jonka nimi oli Olavi. Nimet annettiin vanhan suomalaisen tavan mukaan isän mukaan, joten Mikaelin sukunimi oli Olavinpoika (Olaui). Myöhemmin Viipurissa opiskellessaan hän vaihtoi sukunimekseen Agricola, joka tarkoittaa maanviljelijää.

Pernajassa puhuttiin todella paljon ruotsia, joten oli erikoista, että Mikael osasi puhua hyvin suomea. Mikaelin äidistä ei ole tietoa tallessa, mutta on arveltu, että ehkä hän oli suomenkielinen. Mikael osasi kuitenkin erinomaisesti ruotsin kielen ja suomen ilmeisesti hän oli oppinut jo lapsuudessaan.

Mikael aloitti opiskelunsa kotiseurakuntansa papin kanssa. Hän oli taitava oppilas ja onneksi perheelle oli varaa lähettää hänet opiskelemaan Viipuriin.

1528 Agricola muutti Viipurista Turkuun opettajansa kanssa. Hänen opettajansa sai toimia piispan kirjurina, ja kun kirjuri kuoli vasta vuoden oltua virassaan, sai Mikael kirjurin paikan.

1531 Agricola vihittiin papiksi Turussa ja vuonna 1536 hän matkusti Saksaan täydentämään opintojaan. Mikael suoritti Wittenbergin yliopistossa maisteritutkinnon ja oppi samalla lisää uskonpuhdistuksesta ja pyhien kirjojen kääntämistyöstä. Samassa yliopistossa vaikutti myös Martti Luther.

Maisteriksi valmistuttuaan Mikael palasi Turkuun ja hänet valittiin Turun katedraalikoulun rehtoriksi. Turussa hän julkaisi vuonna 1543 Aapiskirjan (ABCkiria). Rukouskirja (Rukouskiria) tuli nopeasti perään vuonna 1544. Uuden testamentin (Se Wsi Testamenti) suomennus julkaistiin 1548. UT on uskonpuhdistuksen tärkein teos. Agricolan kirjat olivat ensimmäisiä suomen kielellä painettuja kirjoja.