Syksyllä 1987 syntyi Vuorilammen yläaste 115-vuotiaasta äidistään, Kuopion lyseosta. Kahden vuoden ajan oppilaat olivat kulkeneet bussilla Lyseoon, joten koulu saattoi heti aloittaa täydellisenä kolmivuotisena yläasteena.

Neulamäessä aloitti syksyllä 2003 toimintansa yhtenäinen peruskoulu, joka antoi perusopetusta vuosiluokille 1-9. Tällöin yhdistettiin Neulamäen ala-aste, Vuorilammen yläaste ja Pihkapolun ala-aste. Pihkapolun koulu toimi vähän aikaa omassa rakennuksessaan vuosiluokkia 1-3 opettavana yksikkönä ja kuului hallinnollisesti Neulamäen kouluun. Syksystä 2018 alkaen yhdistettiin Särkiniemen koulu (luokat 1-4) hallinnollisesti Neulamäen kouluun. Särkiniemen koulun oppilaat siirtyvät viidennestä luokasta alkaen jatkamaan opintojaan Neulamäen yhtenäiskoulussa (luokat 1-9). Syksyllä 2025 koulun oppilaaksiottoaluetta laajennettiin, minkä myötä osa Hiltulanlahden alueen oppilaista siirtyy yläkouluun Neulamäkeen.

16.2.2026 Kuopion kaupunginvaltuusto teki päätöksen perusopetuksen palveluverkoston muutoksista vuoteen 2035, minkä mukaan yläluokkien opetus tullaan lopettamaan Neulamäen koulussa.

Koulun ensimmäisenä rehtorina toimi Osmo Olkkonen vuoden 1989 loppuun asti. Hänen jälkeensä rehtoriksi valittiin Veli-Pekka Tikka, joka hoiti Vuorilammen yläasteen ja sen jälkeen Neulamäen yhtenäiskoulun sekä lopuksi myös Särkiniemen koulun rehtorin tehtäviä kolmen vuosikymmenen ajan. Hän siirtyi eläkkeelle vuoden 2020 karkauspäivänä. Neulamäen ja Särkiniemen koulun rehtorina aloitti 1.8.2020 Erja Kokkonen. Kesäkuun 6. päivänä vuonna 2022 Neulamäen ja Särkiniemen koulun rehtoriksi siirtyi Martti Kettunen Maaninkajärven koulusta. Vuoden 2026 huhtikuun alussa koulujen rehtorina aloitti Heli Mikkonen, joka kuitenkin siirtyi kesän päättyessä muihin tehtäviin. Lokakuun 1. päivänä rehtoriksi siirtyi Outi Karikoski Pyörön koulusta.