Alavan koulun oppilaista suurin osa on osastohoidossa. Jaksojen pituuden vaihtelevat 2-8 viikon tutkimusjaksoista aina 2-3 vuoden hoitajaksoihin . Osastohoidossa olevien oppilaiden oppilashuolto järjestetään oppilaan omalla koululla. Alavan koulun opettajat tekevät tarvittaessa yhteistyötä oman koulun oppilashuollon kanssa.

Alavan koulun konsultoivien erityisopettajien rooli on toimia pyydettäessä koulujen oppilashuoltojen asiantuntijatukena, yksittäisen oppilaan kolmiportaisen tuen järjestämisen tukena tai oppilaan yksilökohtaisen oppilashuollon tukena. Moniammatilliseen toimintakenttään kuuluvat myös oppilaskohtainen työ kentälle jalkautuvissa lastenpsykiatrian Kota-avopalvelujen työryhmässä sekä perusterveydenhuollon, oppilashuollon ja koulutoimen yhteisessä Oppiva-työryhmässä.

Yhteisöllinen oppilashuoltoryhmä
Alavan koulussa yhteisöllisen oppilashuoltoryhmän muodostaa koulun ja sairaalan edustajat. Kaikissa koulun yksiköissä koulu ja hoito järjestää vähintään kaksi yhteistyökokousta osastojen kanssa, joissä käsitellään myös yhteisölliseen oppilashuoltoon liittyvät asiat. Johtuen oppilaiden jatkuvasta vaihtumisesta, ryhmään ei osallistu oppilaiden tai huoltajien edustajia.

Yksilökohtainen moniammatillinen asiantuntijaryhmä
Sairaalakoulun opettaja osallistuu oppilaan oman koulun yksilökohtaiseen monialaiseen asiantuntijaryhmään kutsuttuna tai
voi kutsua yksilöllisen moniammatillisen asiantuntijaryhmän koolle.

Sairaalakoulun opettajan ja oppilaan oman koulun yhteistyö
- Pedagoginen arvio ja suunnitelma laaditaan tarvittaessa yhdessä oppilaan oman koulun kanssa.
- Sairaalakoulun opettaja konsultoi oppilaan omaa koulua nivelvaiheessa. Työmuotoina koululla käynti, 
sähköposti tai puhelu.

Koulupsykologi ja -kuraattori ja yhteistyö
Alavan koulun koulupsykologi on Klaus Julkunen ja koulukuraattori on Mari Volanen.
Yhteistyössä noudatetaan seuraavia periatteita:
- Vastavuoroinen konsultaatio oppilasasioissa.
- Psykologi ja/tai kuraattori osallistuvat tarvittaessa oppilaan monialaisiin yksilöllisiiin kokouksiin.
- Psykologi tai kuraattori kutsutaan tarvittaessa ulkopaikkakuntalaisten oppilaiden kokouksiin.

Ulkopaikkakuntalaiselle oppilaalle tarjottavat oppilashuollolliset palvelut
Sairaalakoulun tulee tarjota yksilökohtaisia oppilashuollollisia palveluja myös ulkopaikkakuntalaiselle. Yksilökohtaiseen oppilashuoltoon kuuluvat monialaiset yksilökohtaiset oppilashuoltokokoukset ja koulupsykologin palvelut.

Aamu- ja iltapäivätoiminta
Koulu järjestää aamu- ja iltapäivätoimintaa Julkulan ja Alavan yksikössä sekä kuljetuksiin liittyvää valvontaa tarvittaessa. Toiminnasta vastaavat koulunkäynnin ohjaajat.

Koulu hyödyntää kulttuuri- ja liikuntapalveluja mahdollisuuksien mukaan.

Koulu vastaa avo-oppilaiden ruokailun järjestämisestä ja valvonnasta.
Välipalan järjestäminen klo 13-15 välisenäaikana.

Koulu käyttää liikuntatunneilla uima- ja liikuntahalleja sekä osallistuu kaupungin järjestämään uimaopetukseen