Kääpälän koulussa on yhdysluokkaopetusta. Niiltä osin kuin mahdollista opetuksessa noudatetaan vuorokurssiperiaatetta. 1. luokan, 3. luokan ja 5. luokan vuorokurssia noudatetaan parillisen vuoden syyslukukauden alusta. 2. luokan, 4. luokan ja 6. luokan vuorokurssia noudatetaan parittoman vuoden syyslukukauden alusta.
Tuntijako määritellään tarkemmin koulun lukuvuosisuunnitelmassa.