Monet Suomen joista on valjastettu sähköntuotantoon. Silloin niihin on rakennettu voimalapatoja. Padot muuttavat vesiekosysteemiä voimakkaasti. Eliöt eivät pääse liikkumaan padon läpi. Lisäksi padotun vesistön pinnan korkeus vaihtelee voimakkaasti, mikä haittaa monia rannan ja veden eliöitä.

Teollisuuden ja energiantuotannon savukaasuissa voi olla happamia rikin ja typen oksideja. Ne voivat sekoittua pilvien vesihöyryyn, jolloin muodostuu rikki- ja typpihappoa. Kun sataa, nämä hapot päätyvät maahan ja vesistöihin. Tällöin vesistö saattaa happamoitua, eli sen pH-arvo laskee. Monet eliöt ovat happamoitumiselle herkkiä. Erityisesti kalkkikuoriset eläimet, kuten simpukat, kotilot ja rapu, eivät kestä veden happamuutta. Myös kasvillisuus ja planktoneliöstö vähenevät happamoituvassa vesistössä, ja vesi muuttuu kirkkaammaksi.

Moottoriveneilyä on rajoitettu monissa Suomen järvissä, sillä siitäkin voi aiheutua haittaa järviluonnolle. Moottoriveneistä tulee melua, joka voi haitata niin eläimiä kuin rannan asukkaitakin. Vielä suurempi haitta voi koitua veneiden synnyttämistä aalloista. Esimerkiksi kuikan pesä on aivan vesirajassa. Jos läheltä ajetaan moottoriveneellä, voivat aallot kastella pesässä olevat munat tai vastakuoriutuneet poikaset. Kylmeneminen haittaa munien kehitystä ja altistaa vastakuoriutuneet poikaset paleltumiselle. Lisäksi melun säikäyttäessä hautovan linnun pesältään voivat lokit, varikset ja muut pesärosvot käyttää tilaisuutta hyväkseen.

Ympäristössämme on monia kemikaaleja, jotka voivat kertyä vesieliöihin. Itämeren eliöissä voidaan havaita esimerkiksi pitkäikäisiä kloorattuja hiilivetyjä, kuten DDT:tä, PCB:tä ja dioksiineja. Esimerkiksi silakkaa ei Suomen ja Ruotsin lisäksi saa myydä muualla Euroopassa, koska sen dioksiinipitoisuus on liian korkea. Korkean DDT-pitoisuuden vuoksi merikotka oli vaarassa hävitä Suomen luonnosta. Joissakin sisävesissä elohopea on ollut ongelmana. Sitä voi olla runsaasti esimerkiksi vanhoissa, suurissa hauissa. 

Erityisesti Itämeren ekosysteemejä koettelevat muualta kulkeutuvat vieraslajit. Tällaisia ovat esimerkiksi petovesikirppu ja kampamaneetit. Ne kilpailevat ravinnosta Itämeren alkuperäislajiston kanssa, jolloin niiden olemassaolo vaarantuu.