Jämsänjoen yhtenäiskouluun on keskitetty erityisopetuksen luokkamuotoista opetusta.

1. Starttiluokka, oppimisvalmiuksia kehittävä pienluokka
2. Laaja-alaisia ja/tai kehityksen viivästymisestä johtuvia oppimisvaikeuksia kuntouttava opetus
3. Kehityksessä viivästy neiden ja/tai kehitysvammaisten oppilaiden kuntouttava opetus
4. Kehityksessä viivästyneiden ja/tai vaikeimmin kehitysvammaisten oppilaiden kuntouttava opetus
5. N-luokka, nuorisokodin yhteydessä toimiva pienluokka yläkouluikäisille

Yhtenäiskoulussa toteutetaan painotettua opetusta siten, että koulussa toimii vuosiluokilla 7-9 liikuntapainotteinen luokka. Luokalla on kaksi (2) tuntia lisäliikuntaa 7. luokalla, ja 8. ja 9. luokalla liikuntapainotteisella luokalla on oma valinnaisaineryhmä.

Liikuntapainotteisten luokkien oppilaiden viikkotuntimäärä on 7. luokalla 32 tuntia (A2 kielen opiskelijoilla 34), ja 8. ja 9. luokalla 30 tuntia viikossa.