Eheän oppimispolun varmistamiseksi koulu toimii yhteistyössä varhaiskasvatuksen, esiopetuksen sekä lukioiden ja ammatillisten oppilaitosten kanssa. Hyvä yhteistyö kerho- sekä aamu- ja iltapäivätoiminnan kanssa edistää oppilaiden hyvinvointia.

Joensuun koulut tekevät myös keskinäistä yhteistyötä. Tavoitteena on edistää opetuksen kehittämistä ja yhtenäisyyttä sekä vahvistaa henkilöstön osaamista. Yhteistyötä tarvitaan perusopetuksen nivelvaiheissa ja oppilaiden siirtyessä koulusta toiseen. Usein myös eri kieli- ja kulttuuriryhmien opetuksen, oppimisen tuen sekä oppilashuollon sujuva järjestäminen edellyttää hyvää koulujen välistä yhteistyötä. Toiminta paikallisissa, kansallisissa ja kansainvälisissä verkostoissa edistää pedagogiikan kehittämistä.

Yhteistyö nuoriso-, kirjasto-, liikunta- ja kulttuuritoimen, poliisin sekä seurakuntien, järjestöjen, yritysten ja muiden lähiympäristön toimijoiden kuten museoiden ja nuorisokeskusten kanssa lisää oppimisympäristöjen monipuolisuutta ja tukee koulun kasvatustehtävää.