Osa Itä-Suomen yliopiston harjoittelukoulun alkuopetusluokista on yhdysluokkia. Yhdysluokat on perustettu pedagogisista syistä. Yhdysluokkaopetus mahdollistaa joustavat opetusjärjestelyt sekä vertais- ja mallioppimisen. Työskentely yhdysluokassa edistää oppilaan oman toiminnan ohjausta, ja mahdollistaa eri-ikäisten oppilaiden yhdessä oppimisen.

Opetus yhdysluokissa toteutetaan joko oppilaiden vuosiluokkien mukaisesti (äidinkieli ja kirjallisuus sekä matematiikka) tai osittain vuorokurssiperiaatetta noudattaen (uskonto, elämänkatsomustieto ja ympäristöoppi).

Taito- ja taideaineissa opetus järjestetään joustavasti vuosiluokkatavoitteiden mukaisesti opetusta eriyttäen.

Harjoittelukoulussa opetusharjoittelua suorittavilla on mahdollisuus tutustua yhdysluokkaopetukseen.