Perusopetuksen oppimäärän tai osan siitä suorittamisesta erityisessä tutkinnossa sovitaan aina tapauskohtaisesti. 

Perusopetuksen päättövaiheessa perusopetukseen valmistavassa opetuksessa oleva oppilas voi suorittaa perusopetuksen opintoja erityisessä tutkinnossa saadakseen perusopetuksen päättötodistuksen. Siirryttyään perusopetukseen, hän voi suorittaa erityisessä tutkinnossa sellaisia perusopetuksen päättövaiheen opintoja, joiden opiskelu on jo päättynyt hänen siirryttyään perusopetukseen. Mikäli oppiaineen opiskelu jatkuu vielä oppilaan siirtyessä perusopetukseen, hän voi osoittaa osaamistaan osallistumatta erityiseen tutkintoon. Tällöin oppiainetta opettavan opettajan kanssa sovitaan tarvittavista näytöistä aiemman osaamisen osoittamiseksi. Erityisessä tutkinnossa voidaan sopia suoritettavan myös jonkin sellaisen oppiaineen/oppimäärän opintoja, joita ei omassa koulussa opeteta. Samoin kotiopetuksessa oleva lapsi tai nuori voi suorittaa erityisessä tutkinnossa perusopetuksen oppimäärän tai osan siitä.

Erityinen tutkinto voidaan suorittaa kaksi kertaa lukuvuodessa: syyslukukauden ja kevätlukukauden loppupuolella. Erityisen tutkinnon suorittamisesta sovitaan erikseen ja siihen ilmoittaudutaan etukäteen. Erityisen tutkinnon vastaanottaa pääasiassa oppilasta opettava opettaja tai kotiopetuksessa olevan oppilaan ollessa kyseessä opintojen etenemistä valvova opettaja. Mikäli omasta koulusta ei löydy erityisen tutkinnon vastaanottavaa opettajaa, pyritään opettaja löytämään muista kaupungin opettajista. Perusopetuksen aikana suoritettava erityinen tutkinto suoritetaan pääsääntöisesti oppilaan omassa koulussa. Mikäli oppilas on siirtynyt kotiopetukseen, erityinen tutkinto suoritetaan pääsääntöisesti siinä koulussa, josta oppilas on siirtynyt pois. Erityinen tutkinto voi sisältää kokeen ja/tai muita dokumentteja, joilla oppilas osoittaa osaamistaan. Erityisen tutkinnon näytöt sovitaan aina tapauskohtaisesti. Erityisessä tutkinnossa annettavasta oppimäärän suorittamisesta annetaan todistus, ja oppilaan suoritukset kirjataan oppilashallintojärjestelmään. 

Mikäli oppilas vapautetaan oppiaineen tai oppiaineen opiskelusta, hallintopäätöksen tekee koulun rehtori huoltajien hakemuksesta. Kun vapautetaan terveydellisistä syistä, hakemuksen liitteenä tulee olla asiantuntijan lausunto. Asiasta keskustellaan tarvittaessa konsultoivan erityisopettajan kanssa. Oppiaineen opiskelusta vapautetulle oppilaalle järjestetään korvaavaa toimintaa, mikäli oppilaan terveydentila sallii sen.