Rajaseuduilla kahakoitiin jatkuvasti venäläisten ja Ruotsin joukkojen välillä. Siksi Klaus Fleming, kuka oli kuninkaan (Sigismund, joka oli Juhanan poika) käskynhaltija ei halunnut hajoittaa sotajoukkoja rauhankaan aikana. Sotajoukot viettivät aikaa ns. linnaleireissä ja ja talonpoikaistaloissa.



Talonpoikien kauna linnaleirisotilaita kohtaan kasvoi, koska heillä oli velvoite majoittaa ja syöttää ilman korvausta tätä joukkoa. Lisäksi sotilaat olivat huonosti käyttäytyviä ja he jopa ryöstelivät talonpoikia. Talonpoikien kaunaa lisäsi kruunun verovoudit ja rälssimiehet.



Juhana oli aikaisemmin myöntänyt Pohjanmaan talonpojille vapautuksen linnaleireistä, mikäli he itse suojaisivat alueitaan venäläisten hyökkäyksiltä.

Talonpojat valittivat Tukholmassa olevalle Kaarle-herttualle kokemistaan vääryksistään. Kaarle yllytti talonpoikia hankkimaan oikeutta vaikka asein. Suomalaisten talopoikien nuijasodaksi sanottu kapina on yksi monista talonpoikaiskapinoista.



Nuijasota alkoi marraskuussa 1596, kun talonpojat lähtivät polttamaan aatelisten kartanoita.



Levottomuudet puhkesivat niillä paikkakunnilla, joita linnaleirijärjestelmä rasitti. Kapina levisi Satakuntaan ja Hämeeseen saakka. Myös Savon talonpoikia liittyi nuijamiehiin.

Nuijamiesten tunnetuin johtaja oli talonpoika ja kauppias Jaakko Ilkka.



Klaus Flemingin joukut löivät nuijamiehet. Sota kesti noin kolme kuukautta ja sen aikana kuoli lähes 3000 nuijamiestä. Kuningas Sigismund menetti vallan ja Kaarle herttuasta tuli uusi kuningas. Kaarle lopetti linnaleirit ja palauttu talonpojille tilat takaisin.