Opetussuunnitelmassa on kuvattu opetuksen järjestämiseen liittyvät ratkaisut perusopetuksen yhtenäisyyttä edistävästä siirtymä-vaiheisiin liittyvästä yhteistyöstä. Siirtymävaiheilla tarkoitetaan oppilaan siirtymistä esiopetuksesta perusopetukseen, siirtymistä vuosiluokkakokonaisuudesta (1-2 lk, 3-6 lk ja 7-9 lk) seuraavaan sekä peruskoulusta toiselle asteelle.

Oppilaan siirtyessä alakoulusta yläkouluun varmistetaan opetuksen järjestämisen kannalta välttämättömien siirtäminen. Wilma-oppilashallinnon ohjelma turvaa oppilaan tarvitseman ja saaman tuen tietojen siirtymisen Huittisten koulujen välillä. Koulun vaihdosten yhteydessä oppilasryhmille järjestetään ryhmäytymispäiviä ja erilaisia tapahtumia.

Opetusta voidaan järjestää pääsääntöisesti tai satunnaisesti yhdysluokkaopetuksena. Opetusjärjestelyt voivat perustua koulukohtaisten ikäluokkien kokoon tai erilaisiin pedagogisiin ratkaisuihin. Yhdysluokkaopetuksen opetusjärjestelyt kuvataan koulun vuosisuunnitelmassa.

Opetus järjestetään pääosin vuosiluokittain etenevänä. Oppilaskohtaisesti voidaan tehdä päätös vuosiluokkiin sitomattomasti etenevästä, oppilaan omiin opinto-ohjelmiin perustuvasta opetuksesta. Päätöksen tekee rehtori.

Huittisissa perusopetus järjestetään paikallisesti päätetyn tuntijaon mukaan ainejakoisena siten, että monialaiset oppimiskokonaisuudet toteutetaan eri oppiaineiden yhteistyönä. Eheyttäminen ja monialaisten oppimiskokonaisuuksien järjestäminen kuvataan koulukohtaisissa lukuvuosisuunnitelmissa.