Raparperin DNA eristetään lehdestä. Lehti murskataan kuulan avulla FastPrep-laitteessa (ks. kuva).

Raparperin lehti saadaan murskattua kuulan avulla ravistelevassa FastPrep -laitteessa. kuva: Pirjo Tanhuanpää

Ensimmäisen sentrifugoinnin jälkeen yläfaasi (jossa DNA on liukoisessa muodossa) siirretään uuteen putkeen ja päälle pipetoidaan fenoli-kloroformia, jonka avulla saadaan DNA:ta puhdistettua proteiineista. Kuva: Pirjo Tanhuanpää

Sentrifugin (pieni linko) avulla saadaan kiinteät aineet putken pohjalle tai kemikaalit eri kerroksiksi.

Fenoli-kloroformin lisäämisen ja sentrifugoinnin jälkeen putkeen muodostuu kerroksia; ylimmässä kerroksessa on DNA:ta, välikerroksessa proteiineja.

Kun DNA on puhdistettu fenoli-kloroformilla, se saostetaan isopropanolin avulla. Kuva: Pirjo Tanhuanpää

Isopropanolin avulla DNA saostuu ja sentrifugoinnin jälkeen putken pohjalla näkyy DNA-sakka. DNA-sakka liuotetaan puskuriliuokseen, jossa se säilyy vuosia. Kuva: Pirjo Tanhuanpää

DNA:n pitoisuus mitataan Nanodrop-laitteella. Kuva: Jouni Virta

Suurin osa nykyisistä DNA-merkeistä perustuu PCR-reaktioon, jossa merkit monistetaan. Kuvassa PCR-laite, joka on periaatteessa ohjelmoitava lämpöhaude. Kerralla laitteessa voidaan monistaa 4 x 96 kasvinäytettä. Kuva: Jouni Virta

PCR-reaktion jälkeen mikrosatelliitin DNA-jaksojen pituudet määritetään kapillaarisekvenssointilaitteella fluoresoivien leimojen avulla. Kuva: Jouni Virta

Yksi DNA-merkkityypeistä on mikrosatelliitti. Mikrosatelliitti tarkoittaa DNA:n toistojaksoa, joita saattaa eri yksilöillä olla eri määrä eli merkki on eri mittainen. Kuvassa viiden raparperiyksilön mikrosatelliittimerkkejä. Nuolilla on merkitty alleelit eli tämän mikrosatelliitin eri pituiset DNA-jaksot. Vaaka-akselilla ylhäällä näkyvät numerot osoittavat alleelien koot emäspareina. Kuva: Pirjo Tanhuanpää