Käytetyistä malleista on saattanut jäädä mielikuva, että molekyyliin sitoutuneet atomit ovat liikkumatta samoilla paikoillaan. Tämä ei ole totta. Kemialliseen sidokseen osallistuvat atomit loittonevat ja lähentyvät toisiaan hyvin nopeaan tahtiin, toisin sanoen värähtelevät jousen lailla. Lisäksi atomit voivat keinua sidoksen varassa ja yksinkertainen sidos toimii kuin pyörän akseli. Sen päissä olevat ja niihin sitoutuneet atomit muodostavat atomiryhmän, joka pyörii hyrrän lailla.

Tietokoneavusteisessa mallinnuksessa on se hyvä puoli, että ennen kuin molekyylin malli tulostuu tietokoneen ruudulle, ohjelma on laskenut kullekin atomille koko molekyylin kannalta edullisimman ja samalla todennäköisimmän paikan. Kun laskemalla saatuja molekyylien geometrioita on verrattu kokeellisiin tuloksiin, eri menetelmillä saadut tulokset ovat hämmästyttävän lähellä toisiaan. Lisäksi näillä ohjelmilla voidaan mallintaa ja visualisoida edellä mainittuja yksittäisten atomien ja atomiryhmien liikkeitä molekyylissä.

Kemian osa-aluetta, joka pyrkii kehittämään tarkempia laskentamenetelmiä myös sellaisten molekyylien ominaisuuksien selvittämiseksi, joita on kokeellisesti mahdotonta tutkia, kutsutaan laskennalliseksi kemiaksi.

 

 

Lääketehtaat säästävät valtavia summia rahaa, kun lääkekemistit pystyvät mallintamaan mahdollisia uusia lääkemolekyylejä. Tietokonemallinnuksella pystyy sulkemaan pois tutkimuksesta sellaiset molekyylit, jotka eivät kemiallisesti sovellu tietyn sairauden hoitoon. Näin säästytään kalliilta laboratoriokokeilta.