Kreikan alue oli käytännössä ensimmäinen kristinuskon eurooppalainen keskus muun muassa apostoli Paavalin tehokkaan lähetystyön seurauksena. Yleisesti kirkkohistoriassa esitetään, että Filippoissa, Thessalonikissa ja Korintissa toimivat pysyvät seurakunnat jo 60-luvulta jKr. Tämän lisäksi Paavalin kerrotaan saarnanneen myös Ateenassa.

Osittain juuri varhaisesta juurtumisestaan johtuen kreikkalaisessa kristinuskossa on omaleimaisuutta, jos sitä verrataan länsieurooppalaiseen kristinuskoon. Ylipäänsä kaikki kristinuskon itäiset, varhaiset seurakunnat kokivat valtapoliittisia, teologisia ja kulttuurisia haasteita suhteessa 400-luvulla vahvistuneeseen Rooman kirkkoon ja paavin asemaan.

Rooman valtakunnan kahtiajako 395 jKr. syvensi idän ja lännen kirkon eroa entisestään nyky-Kreikan jäädessä Konstantinopolin ja Bysantin puolelle. Seuranneina vuosisatoina kreikankielisten seurakuntien ja Rooman välit muuttuivat entistä haastellisimmiksi. Opillisesti suurimmat erot muodostuivat lännen kirkon pappien selibaattisäännöksestä, ja Nikean uskontunnustukseen tehdystä ns. filioque-lisäyksestä. Lännen kirkko lisäsi uskontunnustuksen kolmanteen kappaleeseen ilmaisun, jonka mukaan Pyhä Henki lähtee isästä ja pojasta. Itäiset seurakunnat tulkitsivat tämän harhaoppisuudeksi, ja pitivät itseään oikeaoppisina, siis ortodokseina. Käynnistyi vuosisatoja kestänyt prosessi, niin sanottu suuri skisma, joka huipentui vuonna 1054 idän ja lännen kirkkojen keskinäisiin kirkonkirousjulistuksiin.

Nyky-Kreikan alueen kirkkohistoria noudatteli tämän jälkeen Bysantin valtakunnan yleistä kehitystä Konstantinopolin patriarkan toimiessa "ensimmäisenä vertaistensa joukossa". Vuonna 1453 tapahtunut Bysantin kukistuminen johti islamilaisen osmanivallan levittäytymiseen myös koko Kreikan alueelle. Turkkilaiset sallivat ortodoksisen kristinuskon harjoittamisen, eikä islam uskontona saanut juurikaan jalansijaa Kreikassa. Ortodoksisesta kristinuskosta muodostuikin ensin kreikkalaisen kulttuurin säilyttäjä seuranneina vuosisatoina.

Kreikan itsenäistymisprosessissa ortodoksisen kirkon rooli oli osittain ristiriitainen. Osa tavallisesta papistosta toimi näkyvästi 1700-luvun lopulta ja 1800-luvun alusta virinneessä itsenäisyysliikkeessä, mutta ylin johto, patriarkat, pyrkivät säilyttämään hyvät suhteet turkkilaisiin vallanpitäjiin. Vuonna 1821 tapahtuneen Kreikan itsenäistymisen jälkeen Kreikan poliittinen johto halusi tehdä maansa ortodoksisesta kirkosta autokefaaliseen, itsenäisen, suhteessa turkkilaisten poliittisessa paineessa olleeseen Konstantinopolin patriarkaattiin nähden. Näin lopulta tapahtuikin vuonna 1850.

Historia on muovannut kreikkalaista nationalismia ja ortodoksista kristinuskoa vahvasti toisiinsa kiinni. Kylmän sodan aikana Kreikka oli käytännössä ainoa valtio, jossa ortodoksinen kirkko sai toimia vapaasti, valtion tukemanakin. Nykypäivän Kreikassa ortodoksisuus näkyy edelleen vahvana kulttuurisena tekijänä.