Kun kasvillisuus sitoo auringon säteilemää energiaa, syntyy biomassaa, josta sidottu energia voidaan vapauttaa polttamalla. Suomessa käytetystä energiasta noin viidennes on tuotettu erilaisten biopolttoaineiden avulla. Tällaisia polttoaineita ovat esimerkiksi puu, sellutehtaiden jäteliemi, palava kotitalousjäte, kaatopaikoilta saatava metaanikaasu, kasviöljyistä jalostettu biodiesel sekä sokerista tehty etanoli.

Biopolttoaineiden käytöllä on monia etuja. Ne ovat uusiutuvia ja monien polttoaineiden osalta kotimaisia. Polttoaineiden tuotanto synnyttää työpaikkoja Suomeen ja parantaa maamme omavaraisuutta energian suhteen. Suomessa erityisesti metsät tarjoavat varsin suuret mahdollisuudet bioenergian hyödyntämiseen.

Biopolttoaineet voivat olla ilmastonmuutoksen kannalta hiilineutraaleja. Tämä tarkoittaa sitä, että kasvillisuus voi sitoa itseensä yhtä paljon hiilidioksidia kuin polttoaineen käytössä vapautuu. Näin tapahtuu esimerkiksi silloin, kun energianlähteenä käytetty metsä kasvaa uudelleen.

Bioenergian käyttöön sisältyy myös haittoja. Jos puulla aletaan korvaamaan esimerkiksi fossiilisia polttoaineita, se merkitsee lisää hakkuita. Kaikki ne pellot, joilla tuotetaan energianlähteeksi käytettäviä kasveja, ovat poissa ravinnontuotannosta. Monet biopolttoaineet tulevat ulkomailta. Esimerkiksi bensiiniin lisättävää etanolia tuotetaan Brasiliassa kasvatetusta sokeriruo'osta ja biodieseliä Indonesian öljypalmuviljelmistä. Näiden polttoaineiden käyttö voi lisätä trooppisten sademetsien häviämistä.

Joidenkin biopolttoaineiden osalta on kyseenalaista, onko niiden käyttö ensinkään järkevää niiden huonon hyötysuhteen vuoksi. Esimerkiksi etanolin valmistukseen kuluu runsaasti energiaa. Saadaanko etanolista hyödynnettyä edes sitä energiamäärää, joka sen valmistukseen ja kuljetukseen on kulunut, ei kaikissa tapauksissa ole selvää. Mitä vähemmän biomassaa tarvitsee jalostaa polttoaineeksi, sitä parempana sen hyötysuhde säilyy. Esimerkiksi sellutehtaiden jäteliemen energiakäytössä ja biokaasun tuotannossa hyötysuhde on hyvä.