Siilinlahden koulussa toimii yhdeksän pienryhmää. Näistä neljä on monimuotoluokkia, joissa tuki koostuu laaja-alaisista oppilaskohtaisesti räätälöidyistä tukitoimista oppiaineiden, keskittymisen ja käyttäytymisen tueksi. Opetusta antaa erityisluokanopettaja yhdessä koulunkäynninohjaajan kanssa.

Koulussa on viisi vaativan tuen ryhmää, jossa annetaan opetusta pääosin toiminta-alueittain tai rajatulla oppimäärällä. Oppilaat saavat kielellistä ja kommunikaation tukea, hoidollista tukea sekä oppimisen tukea yksilöllisten tarpeidensa mukaisesti. Luokan toiminnasta vastaa erityisluokanopettaja yhdessä koulunkäynninohjaajien kanssa. Kiinteästi ryhmien kanssa toimii hyvinvointialueen vammaispalvelun ja kunnan yhteistyönä järjestämä aamu- ja iltapäivähoito sekä lomahoito. Koulupäivän järjestämiseen osallistuu moninainen terapeuttien asiantuntijaryhmä.